La fougère mâle se reproduit principalement par spores. Celles-ci produisent les gamètes mâles et femelles nécessaires à la reproduction de l’espèce.
La formation des spores a lieu de juin à septembre. Après la germination et la fertilisation, de petites lames vertes se forment sur la face inférieure des feuilles. Ces structures se nomment les prothalles.
La jeune fronde, ou plantule, se développe à partir de ces structures en été ou au début de l’automne. Elle deviendra une nouvelle fougère.
La fougère mâle se multiplie également par son rhizome dressé et oblique, souvent visible à la base des frondes. Ce qui fait en sorte qu’elle pousse en touffes isolées ou en petits groupes lâches.