L'accouplement se déroule comme chez les autres odonates. Avant la copulation, le mâle doit replier son abdomen pour effectuer le transfert du sperme du bout de son abdomen à l’organe de copulation situé près du thorax. Il adopte alors une position caractéristique en cercle.
Le mâle repère ensuite une femelle et la saisit par l'arrière de la tête à l'aide de ses cerques, sortes de pinces situées au bout de l'abdomen. Pour accéder au sperme, la femelle courbe son abdomen de façon à ce que son extrémité touche l'organe de copulation du mâle. Le couple peut rester plusieurs minutes dans cette position quasi circulaire.
La ponte peut se dérouler en tandem, mais la femelle peut aussi pondre en solo. Des milliers d’œufs sont pondus un à un dans la végétation aquatique, sous la surface de l'eau.
Le minuscule insecte qui sort de l'œuf est appelé larve primaire, ou prolarve. Celle-ci doit traverser les tissus de la plante qui ont poussé par-dessus l'œuf pour gagner le milieu aquatique. La première mue a lieu quand l'insecte se retrouve dans l'eau.
La larve de l’anax de juin est robuste, glabre et allongée. Elle mue une dizaine de fois ou davantage. Avant sa dernière mue, la larve grimpe sur un support où elle adopte une position verticale, tête vers le haut. Lorsque la métamorphose est complétée, l'exosquelette se fend et la libellule adulte apparaît. Elle entre ensuite en phase de maturation, durant laquelle l’insecte atteint la maturité sexuelle. Les libellules retournent au plan d'eau pour s'accoupler.