Les anacondas sont des animaux solitaires sauf lors de la période de reproduction qui peut durer jusqu’à six mois. La majeure partie de leur temps est passée dans le milieu aquatique. Ils s’aventurent sur la terre ferme lors de la reproduction mais aussi lorsqu’ils passent d’un plan d’eau à un autre. Occasionnellement, ils vont chasser sur terre. Les anacondas ne semblent pas avoir de territoire.
Autour de la bouche, les anacondas ont des fossettes thermiques qui sont sensibles au rayonnement infrarouge (chaleur). Celles-ci leur permettent de percevoir la présence d’animaux à sang chaud (comme des mammifères) dans l’obscurité.
L’anaconda a une ouïe plutôt médiocre. Par contre, il peut capter les vibrations par ses mâchoires ce qui lui permet, par exemple, de détecter les mouvements d’une souris marchant sur un tronc couché au sol. L’anaconda analyse donc son milieu grâce à ses yeux, sa langue bifide (qui est en lien avec son organe voméronasal très sensible aux odeurs/goût), ses fossettes thermiques et ses mâchoires. Il reste souvent immobile pendant des heures, camouflé dans l’eau ou dans les arbres. Il est alors invisible pour les proies qui s’approchent de lui.
Comme tous les serpents, sa langue est bifide : son extrémité se divise en deux. Au bout de celle-ci, il y a de nombreux petits capteurs qui retiennent les odeurs et les arômes libérés par la proie. À l’intérieur de la bouche, il y a 2 petites fossettes sensibles aux odeurs au fond du palais, c’est l’organe voméronasal ou organe de Jacobson.
Lorsque la langue entre dans la bouche, chaque pointe se positionne tout près de ses fossettes qui vont à leur tour percevoir l’odeur. Si la proie est à droite, c’est la partie droite de la pointe de la langue qui amènera le plus d’odeur et la fossette droite sera alors plus stimulée que celle de gauche. L’anaconda sait alors que sa proie est du côté droit. En entrant et en sortant sa langue continuellement, le reptile peut savoir en tout temps ce qui se passe autour de lui et poursuivre sa victime sans problème.
L’anaconda jaune possède également des fossettes thermosensibles qui sont situées sur le bord de la machoire supérieure, entre les yeux et les narines. Ces fossettes sont sensibles à d’infimes variations de température. Au fond de celles-ci, il y a de petits récepteurs qui captent la chaleur émise par la proie. C’est en analysant l’origine de cette chaleur, de la gauche ou de la droite, que le reptile découvre où se situe sa proie. Il peut même suivre la trace encore chaude des gouttes d’urine laissée par un petit rongeur (comme une souris) lorsqu’il se déplace!
Pour avaler des proies gigantesques comme des capybaras ou des cerfs, l’anaconda jaune, comme tous les serpents, possède des adaptations spéciales. Premièrement, il peut déboîter sa mâchoire. Les 2 maxillaires se désarticulent, ce qui permet d’ouvrir la bouche bien grande. De plus, le maxillaire inférieur est constitué de 2 pièces qui ne sont pas soudés ensembles. Ces deux sections peuvent donc s’écarter en largeur pour laisser passer la proie. Une fois la proie ingurgitée, des ligaments, qui agissent comme des élastiques, vont ramener ces 2 parties ensemble et réassembler la mâchoire inférieure.
L’anaconda jaune chasse surtout la nuit. Son territoire de chasse de prédilection est le milieu aquatique. Il peut rester près de 10 minutes sous l’eau. Son visage élancé, sa forme longiligne et le fait que ses écailles soient très lisses, lui permettent de bien glisser sous l’eau. Pour protéger ses yeux des débris aquatiques, l'œil de l’anaconda est recouvert par une écaille transparente.
Selon plusieurs scientifiques, les anacondas ne sont pas de bons animaux de compagnie. Ils grossissent rapidement, leur cage devient trop petite et deviennent alors dangereux tant pour les autres animaux de compagnie que pour les humains. Ils ont un tempérament agressif et ne deviendront jamais des animaux faciles à manipuler. Pire encore, lorsqu’ils sont dérangés, ils libèrent un musc fétide et répugnant. Beaucoup de ses reptiles de compagnie sont le résultat de braconnages et de récoltes illégales. Des gestes qui sont peut-être utiles momentanément pour l’économie locale mais qui appauvrissent la biodiversité pour toujours.